Гістологічні типи ГПЯ, що виникають в яєчнику, подібні до тих, що розвиваються в яєчках у чоловіків. ГПЯ можна широко розділити на ті, що диференціюються в напрямку ембріоноподібних новоутворень, та ті, що диференціюються переважно в напрямку позаембріональних клітинних популяцій.